現代農業不僅造成嚴重的環境問題、農作物營養品質下降，對生物多樣性也造成巨大的威脅。不僅如此，人類壽命降低、智商下降、癌病病發率增高、食品安全問題頻發都與現代農業關系密切。


       現代農業是溫室氣體的一個重要來源。2001-2010年間，林地、農業用地等土地利用格局變化產生的溫室氣體占全球溫室氣體排放的21%，其中單純農業排放量就占11%，而適宜耕種的土地僅占地球陸地覆蓋面積的10%。農業溫室氣體排放比例之所以如此之高，主要是由于現代農業依賴于石化能源輸入，依賴化石燃料，生產和運輸化肥、農藥和地膜等，生產與使用這些化學物質，釋放了大量溫室氣體。

       現代農業造成的環境問題非常嚴重。根據FAO報告統計，2014年全球化肥使用量為1.869億噸，比2013年增加了2%。目前，全球化肥需求量將每年增加1.8%。過量施用化肥，尤其是氮肥，導致土壤酸化嚴重，在我國，從1981年到2017年，氮肥施用量增加到3260萬噸，土壤酸度下降了0.3-0.8，而目前中國化肥使用量已高達5900萬噸。過量使用化肥，還會導致土壤板結、耕地質量下降、生產力降低、土壤侵蝕、土壤有機質流失等，每年僅與土壤侵蝕有關的公共和環境健康損失就超過450億美元。

       現代農業模式下，全球每年約460萬噸化學農藥噴灑到環境中，其中99%釋放到土壤、水體和大氣中。研究者甚至在格陵蘭島冰蓋和南極企鵝體內檢測到高農殘量，中國西藏南迦巴瓦山頂海拔4250米的雪中也檢測到了有機氯農藥。在美國，每年治理由于農藥使用而造成的環境和健康問題需要花費120億美元。

       現代農業塑料薄膜的使用問題越來越嚴重，2011年中國的塑料薄膜覆蓋面積達到了2千萬公頃，總重量從1991年的32萬噸到125萬噸，增加了近4倍。塑料薄膜的廣泛使用產生了大量覆蓋物殘留，污染了農田環境，造成“白色污染”和作物減產。

       人類壽命降低與傳統農耕方式改變密不可分。根據WHO和UNEP的報告，全世界每年有2600萬人農藥中毒，其中22萬人死亡，美國每年有67000人農藥中毒。

       農藥的使用加劇了多種癌癥的發生幾率，如肺癌、直腸癌、骨髓瘤、乳腺癌以及白血病等，農藥導致的癌癥病人占全部癌癥病人的10%，其中乳腺癌的發生與農藥使用頻率呈線性關系。

       另外，很多研究表明，農藥殘留增加了患帕金森綜合征的幾率。農藥還嚴重影響兒童智力發育，孕期接觸最大劑量和最小劑量農藥的產婦，孩子出生后在7歲時智商相差7分，而在孕期接觸多氯聯苯的濃度每增加1ng/g，孩子出生后智商就會降低3分。

       在中國，不孕不育婦女人數高達5000萬人，男子精子合格率已下降到20%以上，生殖障礙已對全球最高的大國提出了挑戰，官方不得不被迫停止采用了30多年的嚴格的計劃生育政策。

       為追求經濟效益，現代農業農畜分開，集約化的養殖業給食品安全和人類健康帶來威脅。最具有代表性的是利用牲畜和動物內臟制成的肉骨粉作為飼料喂牛，使動物內臟中的致病菌進入飼料并最終進入人體，從而導致瘋牛病的發生。

       現代農業過于重視作物的產量和口感，在世代耕作中忽略了其營養性能，從而導致很多作物營養品質的下降。Donald Davis等人研究發現，從1950-1999這將近50年間，43種不同的水果和蔬菜在蛋白質、Ca、P、Fe、維生素B和維生素C的含量上有明顯下降。很多研究也表明小麥的Fe、Zn、Se含量也明顯下降。作物營養品質的下降，加劇了營養不良和隱性饑餓問題。根據FAO統計，全世界營養失調和營養不良的人數將近8千萬人，并且接下來十年沒有下降的趨勢。由于微量元素缺乏導致的隱性饑餓威脅著世界上20多億人口，隱性饑餓能夠引起大量慢性疾病和其他健康失調，如最常見的Fe、I和維生素A的缺乏，最易受隱性饑餓威脅的人群是生育年齡的婦女、兒童和老人。

       現代農業是生物多樣性的最大威脅。農業活動的集約化導致生境破碎、土地利用改變、農藥和化肥使用量增加、機械化強度增加等，從而造成了生物多樣性的損失。以蜜蜂為例，蜜蜂作為全球生物多樣性的一個關鍵組成，能為農作物提供重要的生態系統功能，但受環境破碎和農藥等因素影響，其數量近年來嚴重下降，美國在1947-2005年間失去了59%的蜜蜂群落。除非農業足跡能夠可持續性地發展，否則農業系統和現存的自然生態系統將受到進一步破壞，世界上面臨滅絕的物種比例將進一步增加。